Год поступления1887 Год окончания1893
Духовную Семинарию окончил в 1893г. по первому разряду.
Окончив Духовную Семинарию, Ефрем собирался поступать в Духовную Академию, однако
тяжелое материальное положение семьи заставило его усомниться, сможет ли он учиться
в Академии, не получая стипендии. Его брат, иеромонах Гермоген (будущий епископ),
заверил, что материально поможет ему. В ответ Ефрем написал ему: "Совсем изменилось настроение духа, тем более что, не получая от тебя никаких известий, я впал в сомнение относительно моего поступления в Академию... Ехать в Академию я очень и очень желаю. С жаром примусь готовиться. Бог даст, успею еще"
Московская Духовная Академия
Год поступления1893 Год окончания1897
Поступив в Академию, Ефрем писал брату: "Благодарю тебя за то, что ты принял на себя содержание меня в Академии. Пусть Бог примет твою лепту и воздаст за нее сторицею, а меня удостоит достигнуть через эту лепту служения в Его Святой Церкви и хранимом Им Отечестве моем".
В конце декабря 1893г. Ефрем приехал в Санкт-Петербург. Описывая свое впечатление
от посещения Петербурга брату, он писал: "Любовался соборами. Видел всех митрополитов, видел Государя и все царское семейство. Но особенно я благодарю Бога за то, что Он удостоил меня быть в Кронштадте и видеть отца Иоанна. Я выехал из Кронштадта с великим сокровищем в душе... Когда я увидел, как служил о.Иоанн литургию, то для меня с тех пор открылось в призвании священника еще более привлекательности, более величия только не грозного, не царственного, а особого смиренного, святого, Божественного, небесного, величия в силе мощного слова священника пред алтарем Божиим... После литургии Батюшка пригласил нас на закуску. За закуской, когда отец Иоанн, наливши мне и моему товарищу в рюмки мадеры и по обычаю чокнувшись с нами, приблизил рюмку к своим устам, я в эту минуту, наклонившись немного в сторону, тихо произнес: "Молитесь, батюшка,... за болящую Варвару", и тут встретил глазами устремленный на меня кроткий, полный чувства взор отца Иоанна... После я узнал, что в этот день наша матушка скончалась. Батюшка благодарил нас: "Спасибо вам, братцы, как хорошо, что помолились мы вместе". Потом на прощанье дал нам по портрету за подписями... "Прощайте, братцы, говорил он, лобызаясь с нами на прощанье, кланяйтесь отцу ректору, всем профессорам и студентам... Прощайте... Спасибо вам, братцы!...".
Учась в Академии, Ефрем все же старался не обременять никого и по возможности
зарабатывать сам; по этой причине он однажды опоздал к началу занятий и был
вынужден 23 сентября 1896г. писать отцу ректору в объяснение: "Опоздать в Академию к началу занятий меня заставила нужда. В прошлом году я мог платить за себя только благодаря небольшим заработкам из редакции "Богословского вестника". Часть этого заработка пошла, кроме того, на погашение долга, образовавшегося вследствие того, что я занимал у знакомых деньги для уплаты в Академию за второй год содержания и вторую половину первого. Для четвертого года у меня не осталось ничего, чем бы я мог заплатить в Академию. Ввиду этого я употребил каникулы на труд по составлению книги, издание которой уже началось в Санкт-Петербурге. Доход от продажи книги по выходе ее может обеспечить меня и даст мне возможность еще теперь прийти на помощь тающим в нищете родным: заштатному отцу-священнику и вдове, сельской учительнице, моей сестре родной. Издание книги предприняло за свой счет Географическое Общество. Оно мне помогало проживать в Петербурге до окончания моего труда, который при всем моем старании не может быть доведен мною до конца к сроку, обязывающему меня возвратиться в Академию. Излагая все это пред Вашим Высокопреподобием, усердно прошу Вас не лишить меня счастья окончить курса в Академии".
Прошение было удовлетворено, и в 1897г. Ефрем Долганев закончил Академию.
По окончании Академии получил ученую степень кандидата богословия за кандидатскую
работу "Обзор главнейших событий из истории Абиссинской Церкви
от начала ее существования до позднейших времен"